Markus Höller wurde in Hallein geboren. Mit 10 Jahren bekam er ersten Hornunterricht an der Musikschule den er 1997 an der Universität „Mozarteum“ Salzburg in der Klasse Prof. Hansjörg Angerer fortsetzte. Seit seinem Schulabschluss am Bundesrealgymnasium Hallein studiert er in der Klasse Prof. Radovan Vlatkovic.
Markus Höller ist mehrfacher erster Preisträger bei Wettbewerben auf Landes- und Bundesebene in der Sparte Kammermusik sowie solistisch.
Erste Orchestererfahrung sammelte er beim Halleiner Kammerorchester und als 1. Hornist in verschiedenen Jugendorchestern. Als Solist trat er unter anderem mit dem Halleiner Kammerorchester, dem Salzburger Landes Jugendsymphonieorchester und bei den Salzburger Festungskonzerten auf.
Weiters spielt er bei der Camerata Salzburg, beim Mozarteum Orchester Salzburg, dem Bruckner Orchester Linz, dem Haydn Orchester Bozen, dem Wiener Kammerorchester und dem Radio-Symphonie-Orchester Wien.
Im Zuge dessen folgten Konzerte und Cd-Aufnahmen mit nahmhaften Dirigenten und Solisten wie Nikolaus Harnouncourt, Phillipe Herreweghe, Sir Roger Norrington, Marc Minkowski, Sir Neville Marriner, Anne-Sophie Mutter, Thomas Quasthoff, Lars Vogt, Heinz Holliger oder Francoix Leleux.
Von 2004 bis 2009 war Markus Höller Solohornist der Tiroler Festspiele Erl.
Seit der Spielzeit 2009/10 ist er Hornist im Kärntner Sinfonieorchester.
